Yo lo que hago para estratificar las semillas, las sumerjo en agua 24 horas, retiro las que flotan y antes de ponerlas a estratificar, las meto en agua con algún fungicida diluido un par de minutos, si aún así tienes un poco de miedo, puedes dividir las semillas en dos bolsas para reducir la probabilidad de hongos.
Puedes ponerlas en bolsas tipo Zip con akadama, o ponerlas dentro de papel de cocina húmedo, metido dentro de un sobre de papel de aluminio y lo metes en la nevera abajo (arriba si es combi).
Pasado el tiempo mínimo que depende de la especie, (entre 20 días hasta 1 año algunas), las saco a una terraza cerrada a modo de invernadero, y según van germinando las voy plantando, hay algunas plantas, como el manzano, que pueden germinar en la nevera, por lo que hay que ir vigilando de vez en cuando, y así también vigilar que no salgan hongos, hay otras especies que nunca van a germinar en la nevera, necesitan calor.
La estratificación lo que hace es aumentar la probabilidad de éxito, es decir, hay semillas que las siembras y germinan sin necesidad de estratificar, aún así, si estratificas, aumentas mucho las probabilidades.
He puesto hace algo más de un mes semillas de ciprés, sin estratificar, y solo me han salido por ahora 14 de 80 semillas, aunque estoy esperando a ver si sale alguna más, si las hubiese estratificado, saldrían muchas más, el resto de especies las tengo guardadas para febrero.
El año pasado estratifiqué todas las semillas, y sin exagerar, prácticamente el 100% de estas germinaron, otra cosa es que la planta muriese por ser débil o por podredumbre.