Siempre es recomendable, sobre todo si quieres controlar el enraizado desde afuera sin necesidad de vaciar el sustrato a lo largo de los aproximadamente 12 meses que van a estar en su vasito. Si cubres y ensombreces la zona, cualquier tímida raíz que esté moviéndose hacia los laterales, seguirá hasta chocar con la pared transparente. Si no está ensombrecido, es probable que en lugar de seguir hasta la pared, se detenga y simplemente siga bifurcándose o girando siempre manteniéndose en el límite más sombrío, impidiendo así, que las veas.JCMex90 escribió: ¿aún así es recomendable proteger y oscurecer la zona inferior del vaso para no afectar las raíces
Porque aunque digas que tienes los vasitos sin luz del sol, imagino que no están metidos en un armario
. Lo ideal es que tengan al menos claridad y sepan cuando es de día y cuando es denoche, y supongo que al menos sí les concedes eso 
.Un saludo y mucha suerte con los esquejitos. No dejes de contarnos tu experiencia!