Lo que debas hacer con cada no dependerá de la especie y del vigor, y también del tamaño al que quieras que lleguen y el calibre que desees que tengan.
Al caduco podrías hacerle una poda de otoño si sabes que brotará por atrás, y si no lo doblas de manera que entienda que el ápice ha cambiado y que se estimulen yemas latentes para hacer una sustitución de ápice el próximo año (por ejemplo). Pero hazlo según su flexibilidad. Hay algunos temas de plantoncitos zero por el foro que hacen esto y te pueden servir como orientación (liquidámbar, roble, higuera, olmo...).
Las estacas, al ser esquejes, lo suyo sería dejarlos tranquilos de un año para otro para que se asienten, y empezar a trabajarlos entonces.
El pino tiene un tratamiento especial, pues se suele conservar rama o ápice de sacrificio que se sustituye según convenga para repartir el vigor.
El junípero que dices no sé si es rastrero o no, de ser rastrero te conviene conservar un ápice fuerte hasta que consigas cierto calibre o cierta altura porque tendería a ser más fuerte a los lados que hacia arriba. Tambén cuenta con que en general la cicatrización en coníferas es relativamente mala, y tendrás que valorar el momento adecuado para hacer el corte y evitar una cincatriz indeseada o hacer un jin.
Te ha salido el tema duplicado, el otro ya lo borrarán cuando puedan

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Un saludo!