Si has seguido los pasos, primero tendrás que despejar un poco para poder ver la estructura. Las hojas que salen de las ramas que se ve que además comienzan a secarse, serían lo priemero que tienes que limpiar, y así podrás ver mejor qué tienes que hacer (yo casi no distingo, seguro que ves mejor tú mismo que lo tienes delante). También aquellas que salen hacia abajo claramente. De este modo ya deberías poder distinguir mejor qué tienes entre manos.
Lo de eliminar ramas enterradas te conviene hacerlo, más si son pequeñas, pues siendo el arbusto rastreto que es, se van a autoacodar y no formarían parte de tu moyogi, si no que serían un intento de arbolito a aparte

. Puedes ponerlos en otros recipientes si tienes espacio y si quieres dejarlos esquejando.
Cuenta con que aunque tengas el tronco algo enterrado, al tacto puedes saber hacia dónde curvea, y si las ramas no están en lugares adecuados, más motivo para retirarlas.
Aunque antes de cortar, deberías escoger un frente, y para esto entra de nuevo lo primero: despejar un poco.
Un saludo!