Manchas en plantón de limonero

[Saray]

En enero germiné una semilla de un limón y lo metí en un tarro de cristal a modo de invernadero para intentar hacerlo bonsai y hasta ahora bien, pero hace una semana le salió una mancha marrón en la base del tallo y estos días un punteado blanco con poros en el interior en las hojas, además la última hoja que le ha salido es notablemente más pálida.
¿Alguien sabe qué le pasa a mi limonero?