Buenas Xugapalma
Lo que yo haría:
1) De vez en cuando les daria algún riego con agua de mineralización débil para lavar un poco el sustrato, así los arbolitos podrán "coger" mejor el abono.
2) Intentaría darles algo de sol directo.
3) Abonaría más, porque los cítricos consumen muchos nutrientes.
Para mi la razón directa no es el trasplante, es el hecho de crecer. A más crecimiento más se notan las carencias

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Un Saludo